Enterogermina được dùng để điều trị và phòng ngừa rối loạn hệ vi khuẩn đường ruột và bệnh lý kém hấp thu vitamin nội sinh.

Điều trị hỗ trợ để phục hồi hệ vi khuẩn đường ruột bị ảnh hưởng khi dùng thuốc kháng sinh hoặc hoá trị liệu.

Rối loạn tiêu hoá cấp và mạn tính ở trẻ em do nhiễm độc hoặc rối loạn vi khuẩn đường ruột và kém hấp thu vitamin.